Simbolismo de La Separación de las Aguas
Los dedos de la mano derecha se dirigen hacia lo alto, mientras que la mano izquierda se inclina por encima de las aguas inferiores. Al igual que en la Creación de Adán, Dios viste de color violeta claro y se envuelve en un manto rojo que le ciñe el abdomen y se hincha hasta formar un segundo revestimiento que limita el espacio ocupado por las otras tres figuras desnudas. En el niño que vemos flotando en el aire junto al Padre, detrás de su hombro y brazo izquierdos, podemos reconocer de nuevo una referencia a la segunda persona de la Trinidad, el Hijo de Dios. El viento que hincha su manto rojo, como si fuera una envoltura que determina un espacio, alude a la presencia de la tercera persona, el Espíritu Santo.
Los dos personajes que se hallan a la espalda de Dios Padre resultan enigmáticos. Se trata de una muchacha joven que mira hacia la izquierda, fuera del panel, y un muchacho cuyo rostro, aunque se oculta en la cavidad creada por el manto, es reconocible. Probablemente la joven representa, como la figura femenina de la Creación de Adán, idea divina de mujer en Dios, y en especial la Inmaculada. El muchacho alude a la idea de hombre y, también, al futuro Hijo de la Inmaculada.
Como ya hemos dicho, la mirada de la muchacha nos lleva fuera del espacio pintado y del ámbito del panel, y conduce directamente al tondo que dos jóvenes desnudos sostienen con una tira de tela. Más adelante nos ocuparemos de ellos, de sus compañeros y de las representaciones contenidas en los tondos correspondientes. Lo que aquí nos interesa es constatar que de todos los tondos sólo éste no contiene la reproducción de ninguna figura, pues está completamente vacío. Miguel Ángel se sirvió de la curvatura de la bóveda para representar su superficie de manera cóncava. Podría ser que con esto pretendiera ofrecernos una representación simbólica del firmamento, de la bóveda del cielo, en cuya creación Dios se comprometió, como vemos en la escena del panel principal. Pero el vacío también podría ofrecernos una imagen simbólica de la pureza de la Inmaculada.
La figura femenina tiene aspecto de muchacha para indicarnos que, como el resto de la creación, su realización se produce de manera gradual. Una vez más, Miguel Ángel elaboró ideas originales a las que dio forma y color de inmediato, proporcionando la ilusión de un espacio tridimensional y las posibles relaciones a las que da lugar, que a través del diálogo de las miradas pueden extenderse de una zona a otra del fresco.