Simbolismo de la Virgen María
María viste de un color violeta claro que por la delicadeza de sus tonos armoniza perfectamente con el violeta púrpura oscuro del manto de su hijo. Su manto, en cambio, es del mismo y brillante color azul lapislázuli que vemos en el cielo del fresco. Si el violeta rosado de su vestido simboliza la penitencia, el azul del cielo indica la contemplación. María se encuentra totalmente sumida en la contemplación de los maderos que forman una cruz, y en el lugar donde su mirada topa con ellos, aparece el forro verde del manto, con lo que probablemente se nos quiere decir que en el espanto despertado por el Juicio final, la cruz será la única fuente de esperanza.
La figura de María es la de una mujer encinta. Una vez más, el artista repite su itinerario para ofrecernos un símbolo y no un retrato de la figura representada. María simboliza la Iglesia, y como tal permanecerá encinta hasta el momento del juicio en que todos los creyentes sean llevados al Paraíso. María representa a la Iglesia sumida en los dolores del parto de toda la humanidad.
La Virgen María es la madre. En el Juicio se encuentra al lado de su Hijo, a su derecha. Ella, que es con pleno título la madre de Dios, participa desde el puesto de honor al último capítulo de la historia de la humanidad. La Iglesia ha considerado siempre a María como la persona que más que ninguna otra intercede por los hombres ante su Hijo. Miguel Ángel, representándola recogida en sí misma, con los ojos semiabiertos, atónita por lo que está a punto de suceder, parece querer acentuar una idea de temor. Es fácil creer que el artista, pintando de este modo a María, haya querido subrayar que en el momento del Juicio no es posible ninguna otra intercesión. En esos momentos, la única palabra que se puede pronunciar es la de la verdad definitiva.