Simbolismo del profeta Zacarías
El Papa debió de reconocerse como esposo de la Iglesia en el profeta Zacarías, pues en su libro encontramos los siguientes pasajes: «Regocíjate y alégrate, hija de Sión, porque vengo para habitar contigo, dice el Señor» (Za 2, 14) y «Alégrate sobremanera, hija de Sión, grita jubilosa, hija de Jerusalén, porque ya llega tu rey» (Za 9, 9). Seguramente el Papa, al entrar en su Iglesia totalmente decorada, no podía dejar de recordar estos versículos. Pero Julio II no era precisamente un erudito, y así nos lo recuerda el siguiente episodio contado por Condivi. Encontrándose en Bolonia para crear la monumental figura en bronce del Papa, Miguel Ángel le preguntó si debía colocar un libro en la mano izquierda de su estatua, a lo que el Papa respondió: «Mejor ponme una espada».
Miguel Ángel no pintó al profeta Zacarías leyendo, sino pasando las páginas de un libro, tal como suelen hacer los analfabetos; además, su rostro es oscuro y se halla escondido en la sombra, lo mismo que los del muchacho y la muchacha que aparecen de pie a su lado y detrás. Como en una pareja de hermanos, la joven apoya su brazo sobre los hombros del muchacho. Las figuras situadas al 
lado de un profeta o una sibila suelen aludir a las facultades del alma, y acercándolas al personaje principal se obtiene siempre el necesario número tres. La muchacha, que es la que se encuentra más cerca de la pared del fondo, representa la facultad anímica de la memoria; el muchacho encarna el intelecto, que en latín se llama intellectus, mientras que Zacarías, en este juego tripartito, ocupa el lugar de la voluntas, o sea la voluntad. Pero los tres están representados con los rostros ocultos en la sombra y la capa roja echada sobre el hombro izquierdo, separando a los dos muchachos del profeta. De esta forma, Miguel Ángel nos transmite un mensaje preciso respecto a las facultades y su relación recíproca con el alma de la figura principal aquí representada. La memoria, es decir, el pasado, es oscura. También el intelecto se ha ensombrecido, por lo que ninguno de los dos ejerce ningún tipo de influencia sobre la voluntad, que, al separarse, se ha independizado. Sólo se realza la voluntad de esta persona; el equilibrio armónico de su alma se ha turbado. ¿No concuerda todo esto con Julio II?
En el texto doctrinal de Egidio de Viterbo reprocha a Paris haber elegido de forma unilateral a Venus, que para los teólogos representa la voluntas, y haber perturbado de tal forma la armonía del alma. En este texto, se escinde por primera vez la trinidad presente en el alma humana y se adscribe a las tres Personas. Miguel Ángel aprovechó esta interpretación. En el plano cromático, la vestimenta y la capa del profeta corresponden a la ropa que Moisés viste en los frescos de la capilla que se remontan al siglo XV. El verde claro de la capa es igual al que aparece en Moisés, por lo que el significado podría ser el mismo: la esperanza. Para Moisés, en la tierra prometida; para el Zacarías de Miguel Ángel, en la pacificación de la Iglesia, e incluso, posiblemente, en el advenimiento de un papa parecido a un ángel. La vestimenta dorada de la santidad con la función profética o papal se adorna con el alzacuello de la contemplación. La parte superior de la capa, y precisamente su forro, es del color rojo del amor, aunque es de tono opaco porque se halla mezclado con el marrón.
Es interesante descubrir a las dos parejas pintadas con un relieve marmóreo a ambos lados del trono. Estos muchachos, que sostienen la cornisa por encima de la cual aparece pintado el cielo azul, son los atlantes de la bóveda celeste. Sus brazos izquierdos se entrecruzan el uno con el otro, por lo que sólo sostienen la cornisa con el derecho. Ambas muchachas apartan con el muslo el de su compañero, y los dos muchachos apoyan su brazo izquierdo sobre los hombros de ellas. Parecen jugar inocentemente a ser esposos.
