Simbología del Castigo de los rebeldes
El episodio, muy raro en la historia del arte, tenía claramente la finalidad de reafirmar la autoridad del papa y subrayar el castigo que cae sobre quien desobedece al Vicario de Cristo en la tierra. No es casual que Botticelli represente, en el centro, a Aarón con la mitra en la cabeza, el tradicional gorro de los papas, y les de los colores azul y oro de la estirpe de los Della Rovere, la familia del papa comitente Sixto IV, mientras al fondo coloca el Arco de Constantino con la inscripción: «NEMO SIBI ASSUMM AT HONOREM NISI VOCATUS A DEO TANQUAM ARON», que refuerza este deseo de subrayar la autoridad del papa. Es por lo tanto bastante clara la oposición a la escena cristológica en la que está representado el momento en el que Cristo da a Pedro el poder sobre la Iglesia.
Sorprendentemente, a la izquierda del fresco aparece una iglesia entre dos estructuras arquitectónicas, 
una entrada y el arco de Constantino; la entrada puede referirse a la de la Tienda de la manifestación de Dios, donde, según el Libro de los Números, se reunieron Moisés, Aarón y los rebeldes (Num 16, 18s). Debajo de la iglesia, situada en la ladera y con un solo campanario, el pintor representó embarcaciones y restos de naves. Este detalle aparece en un texto de Hugo de San Víctor perteneciente a uno de los cuatro libros De bestiis et aliis rebus (Acerca de los animales y otras cosas). Respecto a la temática de este fresco de Botticelli citaremos en primer lugar la homilía de Orígenes titulada De batillis Core (Los incensarios de Coré), que constituye su Homilía IX sobre el Libro de los Números, lo cual indica que la pintura se inspira en las ideas de dos teólogos: Orígenes y el Pseudo Hugo de San Víctor.
Botticelli ha colocado a los rebeldes con los incensarios alrededor del altar que ocupa el centro de la pintura. Ahora bien, la homilía de Orígenes se relaciona con el pasaje del Libro de los Números en el que se narra cómo Eleazar, hijo de Aarón, por orden de Dios redujo a láminas los incensarios de los rebeldes devorados por el fuego, y que con ellas revistió el altar para que a partir de entonces nadie que no perteneciera a la casa de Aarón pudiera presentar incensarios delante del Señor (Nm 17,4s). Según Orígenes, no sólo Coré y sus compañeros constituyen figuras simbólicas de los herejes presentes en la Iglesia, sino que también los incensarios deben interpretarse simbólicamente.
Los contenedores de bronce se componen solamente de palabras vacías, sin la fuerza del Espíritu, mientras que el oro alude a la pureza de la fe, y la plata purificada por el fuego, a la palabra probada por la experiencia. Sin embargo, el Libro de los Números no habla de incensarios fabricados con tres metales distintos, los encontramos únicamente en la homilía de Orígenes y en el fresco de Botticelli en la Capilla Sixtina. Y tal como ocurre con los incensarios, existe otro importante detalle del fresco que podemos relacionar con Orígenes y que adquiere así explicación.
La mayor parte de los incensarios representados en el fresco de Botticelli son de oro, y seguramente vuelan alrededor de las orejas de Coré y sus compañeros porque representan a los herejes. En efecto, Orígenes representó en los rebeldes a los herejes que han llevado el fuego de sus doctrinas extrañas en los recipientes. Pero en la representación se advierte claramente el contraste entre sus palabras, o sea el fuego, y las palabras de las Escrituras, o sea los incensarios, que Botticelli hace volar contra las cabezas de los rebeldes, incendiando sus cabellos.
Delante del altar, en el suelo, a los pies de uno de los rebeldes derribado, se halla un incensario de plata. Si hacemos caso a Orígenes, esto significa que la doctrina de los herejes no resiste la prueba del fuego de las persecuciones y las adversidades.
Entre Moisés y Aarón, uno de los rebeldes, con un recipiente de hierro, intenta incensar sin conseguirlo al grupo de revoltosos que se proponen lapidar a Moisés. Según Orígenes, los incensarios de hierro son empleados por aquellos cuyas palabras carecen de sentido y están privados de la fuerza de Dios.
Aarón, situado entre los muertos y los vivos, llevando las vestiduras sacras de sumo sacerdote y empuñando un incensario de oro, cumple el rito expiatorio (Nm 17, 11-13) incensando a las dos personas representadas en la entrada del santuario. Una de ellas es de edad madura y viste el hábito monacal de los agustinos, mientras que los rasgos de la otra, más joven, recuerdan los del retrato de Botticelli.
Por otro lado en De bestiis at aliis rebus, la obra del Pseudo Hugo de San Víctor, se mencionan las 
misteriosas naves que aparecen al fondo de este fresco. A este respecto hallamos una referencia en el capítulo 54 del Primer libro de los Reyes, donde se habla de dos flotas, la de Salomón (1 R 9,26-28; 10, 11) y la de Josafat (1 R 22, 49). En este segundo pasaje de las Escrituras leemos: «También Josafat construyó una flota en Tarsis para ir a Ofir, a buscar oro, pero no partió porque las naves naufragaron en Asiongaber» (1 R 22, 49). El Pseudo Hugo de San Víctor explica este pasaje de la siguiente manera: «Josafat es la figura de quien juzga y Asiongaber es la voz del hombre. Se trata, por lo tanto, de la confesión… Efectivamente, cuando el pecador, se juzga a sí mismo en la confesión, entonces en Judá reina el rey Josafat. Pero Ofir significa cubierto de hierba (herbosum). Se llama tierra cubierta de hierba (herbosa tena) la que nadie cultiva y produce abundante hierba que encandila el ojo… Como dice Hyeronimus, gaber significa “joven” o “fuerte”. No debemos por lo tanto asombramos si el ímpetu de la juventud lleva a destruir la nave de la confesión».
La flota de Salomón regresaba a Tarsis cada tres años llevando oro, plata y marfil. Las materias preciosas traídas desde Tarsis se emplearon en el templo. Según el Pseudo Hugo, Tarsis representa «la búsqueda exploratoria de la alegría (exploratio gaudii)».
«La flota de Salomón es la fuerza de la confesión… Se dice que en Tarsis se encuentra oro y plata, o sea hombres famosos por su saber y elocuencia, los cuales, mientras buscan y piden la alegría de este mundo, también se confiesan. Y mientras llegan a Jerusalén con la flota de Salomón, cargados de oro puro, a través de la confesión y en la paz de la Iglesia se vuelven aún más puros».
Si observamos el fresco de Botticelli, veremos que la segunda nave armada tiene la vela todavía izada pero ya está orientada hacia el litoral opuesto, donde, en medio de un paisaje montañoso, descubrimos la iglesia oculta detrás de los árboles, un templo al que ya nos hemos referido. La cabina situada en la popa de la nave resplandece de oro. Pero ¿por qué Botticelli representó dos embarcaciones distintas, una de la flota de Josafat procedente de Tarsis, embarrancada y destrozada, y una de la flota de Salomón, que ha llevado a Jerusalén oro y otras mercancías?
Si hablamos de naves al referimos a la construcción de la Iglesia, no podemos dejar de mencionar el arca de Noé, que en efecto encontramos en la bóveda de la Sixtina. Aunque la pintó más tarde Miguel Ángel, en tiempos de Julio II, debe indudablemente relacionarse con el programa original elaborado durante el pontificado de Sixto IV. Toda la ornamentación de los frescos de la Capilla pertenece a un único y coherente programa que, no obstante, está muy diferenciado. La clave para penetrar en este coherente programa general podemos encontrarla en la ya citada obra del Pseudo Hugo de San Víctor, pues se trata de explicar el sentido alegórico de la paloma y otras aves, así como de las plantas y temas bíblicos que figuran en él.
