El fresco de Perugino, en el que se representa la entrega de las llaves a Pedro, además de destacar entre los demás murales de la Sixtina, contiene un titulus que de buenas a primeras no parece corresponderse con el tema: CONTURBATIO IESU CHRISTI LEGISLATORS («Turbación de Jesucristo autor de la Ley»). En efecto, sólo parecen justificar la elección de semejante título las escenas que se desarrollan en un segundo plano, donde podemos observar el episodio del tributo y el intento de lapidar a Jesús en el templo. Además, debemos recordar que, según el Evangelio (Mt 16, 19), Jesús no pronunció en el templo las palabras relativas a la entrega de las llaves, sino en Cesarea de Filipos. Cuando la representación no concuerda con el texto de las Sagradas Escrituras cabe suponer que responde a una intención por parte del pintor o del consejero en teología.
Ahora bien, en el fresco, el edificio octagonal del templo se eleva al fondo de una gran explanada por detrás de las escenas representadas en segundo plano. El techo en forma de cúpula se halla delimitado por el marco del cuadro, y en este punto de encuentro el observador puede distinguir las dos palabras IESU CHRISTI, que sólo en este titulus se encuentran en el centro exacto. Todo aquel que relacione la escena del segundo plano, en la que se representa la tentativa de lapidar a Jesús, con su nombre, colocado como colmo y coronación de la cúpula del templo, no podrá dejar de pensar en el versículo bíblico que reza: «La piedra rechazada por los constructores se ha convertido en piedra angular» (Sal 117 [118], 22s; Mt 21,42; Ef 1,22s; 1 P 2,4-1). Llegados a este punto, es preciso explicar la intención que subyace en la pintura de este fresco: la edificación de la Iglesia construida con piedras vivas se lleva a cabo mediante la entrega a Pedro, por parte de Jesús, del poder que dan las llaves.
Los constructores del antiguo templo rechazaron a Jesús, y querían lapidarlo. Pero él es la dovela que transmite a Pedro 
la capacidad de consolidar el edificio. Vemos traducido en imágenes el juego de palabras entre dovela (o clave de una bóveda) y llaves. Sustancialmente, en casi todos los frescos y en todo el programa iconográfico se hace continua referencia a los conceptos de piedra y roca, que cabe asociar al nombre de Pedro. Cualquier piedra que tenga algún significado en la historia de Moisés, y en la de Jesús, hace referencia veladamente a la construcción de la Iglesia edificada con piedras vivas. Así, por ejemplo, a los hijos de Moisés se les hace la circuncisión con una piedra. También debemos tener presente el borde de piedra del pozo y la construcción situada a la derecha del fresco dedicado a la Historia de la vocación de Moisés, donde un albañil con una llana en la cintura se refugia en este edificio parecido a un templo. La columna de nubes situada encima del mar Rojo en el fresco sucesivo, obra atribuida a Cosimo Rosselli, presenta con su base, su fuste, y su capitel una forma arquitectónica perfectamente definida, y tras el paso del mar Rojo los israelitas se encuentran en una región rocosa. En el fresco contiguo, cuyo centro está ocupado por el becerro de oro, y probablemente se deba a la cooperación de Cosimo Rosselli y Piero di Cosimo, se representa a Moisés destruyendo las Tablas de la Ley, que son de piedra.
De la misma forma, con piedras es tentado Jesús en el desierto, y vuelve a ser tentado en la cumbre del templo, en el lugar exacto donde la construcción presenta su último coronamiento que se yergue hacia el cielo. En el fresco de Botticelli, el elevado monte de la última tentación es un peñasco desde el cual se precipita el diablo después de haber sido rechazado, mientras Jesús es servido por los ángeles en la cumbre. En el monte del Sermón de la montaña, realizado por Cosimo Rosselli y Piero di Cosimo, se ve una iglesia, en tanto que Cosimo Rosselli ambienta la Última cena en una sala octagonal revestida de mármoles. En el fondo de cada uno de los tres recuadros que se abren en perspectiva más allá de las ventanas de la sala se reconoce la figura de Pedro: el primero de los tres discípulos adormecidos en el monte de los Olivos, cortándole la oreja a Malco y, finalmente, arrepintiéndose delante de la escena del Gólgota.
Los temas presentes en los frescos de la Capilla Sixtina son diversos, pero todos se encuentran hábilmente entrelazados unos con otros, como en un concierto polifónico. Uno de los motivos es el de Pedro y la fe, tema del que encontramos referencias incluso en las rocas y las piedras, siendo uno de los motivos más importantes el de la Iglesia construida con piedras vivas.
Si nos fijamos en la pintura que representa la Entrega de las llaves, veremos a la izquierda, al lado de los discípulos, una figura con un compás y otra con una escuadra, en las que podemos reconocer a dos maestros de obra. Posiblemente se trate de los retratos de Baccio Pontelli y Giovanni de’Dolci, arquitecto de la capilla. Los retratos de los arquitectos en el fresco de Perugino se explican porque el pintor se propuso recordar que la edificación de la Iglesia se realizó con piedras vivas, mejor dicho, recordamos que esta construcción tomó forma por primera vez con Cristo y los apóstoles.
La piedra rechazada por los constructores se ha convertido en cabecera angular del edificio formado por piedras vivas. Esta doctrina la encontramos expresada de manera esencial en la Primera Epístola de San Pedro: «Reuníos a su alrededor, piedra viva, rechazada por los hombres pero elegida por Dios y preciosa a sus ojos. Dejaos emplear como piedras vivas para la construcción de un edificio espiritual…» (1P 2, 4s). Esta doctrina fue recogida en el libro decimoctavo de La Ciudad de Dios de Agustín y desarrollada en el contexto de una interpretación alegórica más extensa por parte de Hugo de San Víctor. Ambos conceptos, el rechazo de la piedra por parte de los constructores y el edificio construido con piedras vivas, se hallan también ampliamente desarrollados en Pietro Galatino.
En su obra De Ecclesia, inédita, este franciscano escribe: «… ahora nos referiremos a las piedras que componen la estructura [del templo]. Con ellas se quiere designar a todos los elegidos con los cuales se edifica la Iglesia militante». Además, en este mismo pasaje se hace una distinción entre las piedras que han servido para erigir el sanctasanctórum -los sumos sacerdotes (pontífices)- y aquellas que sirvieron para erigir el santuario.
Existe asimismo un pasaje de la obra de Orígenes con el que concuerdan por completo los elementos que componen la representación de Perugino, tal como ya ha ocurrido con el fresco del sacrificio de purificación. En efecto, el teólogo alejandrino se expresa del siguiente modo:«… a partir de las distintas posibilidades de interpretación, tanto el templo como el cuerpo de Jesús me parecen una imagen de la Iglesia, ya que está construida con piedras vivas para formar un edificio espiritual y un sacerdocio santo, se ha edificado sobre el fundamento de los Apóstoles y los Profetas y tiene al mismo Cristo como piedra angular». El templo presentado por Perugino es octagonal, y no olvidemos que el número ocho se relaciona con Cristo, en alusión al octavo día, el día de la resurrección. En el fresco de Cosimo Rosselli, situado a la derecha del de Perugino, también la sala de la Última cena tiene forma octagonal, e incluso la mesa es semíoctagonal. Esta sala, situada en el plano superior, se ha convertido en el nuevo templo e imagen del cuerpo de Cristo.
